Wody na terenie gminy Węgorzyno zajmują 7 % powierzchni są to rzeki należące do zlewni Regi: Brzeźnica, Brzeźnica Węgorza, Ukleja, Reska Węgorza z dopływami Golnicą, Krzeszni oraz 27 jezior. Do największych jezior należą. Woświn - 831,0 ha,   Okrzeja - 101,0 ha, Brzeźno - 98,6 ha, Mielno - 74 ha, Zajezierze - 73,0 ha, Węgorzyno - 68,3 ha, Żabice - 67,3 ha, Dłusko -56,8 ha, Sambórz Duży - 50,5 ha, Przyton - 31,0 ha, Sambórz Mały - 13,3 ha, Dubie -13,3 ha, Wolnowo- 11,0 ha. Mniejsze jeziora (poniżej 10 ha) to: Czarne Górne - 8,0 ha, Stepno Duże - 7,0 ha, Rogowo - 6.1 ha, Gardno 5,62 ha, Strokowskie Dolne 5,35 ha, Dobrowo - 5,0 ha, Wiewiecko - 5,0 ha, Strokowskie Górne ~ 4,8 ha, Stepno Małe - 4,0 ha, Sulcowe - 3,0 ha, Rogówko - 2,5 ha, Okrągłe - 1,2 ha, Czarne Dolne - 1,1 ha. Wody zasobne w wiele cennych gatunków ryb (np. szczupak, lin, karaś, węgorz, sandacz, sielawa, jeden z nich piskorz podlega ochronie prawnej) to raj dla amatorów wędkowania. Gmina Węgorzyno to królestwo wielu gatunków zwierząt charakterystycznych dla północnego obszaru Polski.

Gmina Węgorzyno leży w dorzeczu rzeki Regi, do której bezpośrednio płyną rzeki:

Ukleja - lewy dopływ Regi, o długości 48 km i powierzchni dorzecza 453 km². Wypływa z jeziora Dłusko. Między jeziorami Dłusko i Woświn przepływa przez kilka stawów rybnych i częściowo ma charakter górskiego potoku.

Brzeźnicka Węgorza - dopływ Regi, o długości 40 km i powierzchni dorzecza 348,5 km². Wypływa z jeziora Studnica (102 m n.p.m.), ok. 7 km na pł.-wsch. od Ińska. Jest to interesujący szlak kajakowy, stanowi łącznik pomiędzy rzekami Drawą i Regą.

Reska Węgorza - lewy dopływ Brzeźnickiej Węgorzy, o długośi 21 km i powierzchni dorzecza 177,7 km². Płynie głębokimi zakolami w szerokiej, miejscami zmeliarowanej dolinie. Kilkakrotnie zmienia bieg z północnego zachodu na północny wschów.